К сожалению, исходный код не может быть защищен. Каждый может увидеть код Вашего сайта, посетив его и нажав на "Отобразить исходный код" в браузере. Вы можете защитить код внутри PHP файлов зашифровав их (Вы можете использовать Zend и Ioncube для шифрования) но код сайта будет виден в любом случае.