Chmod 600 не защищает мои файлы.

Изменено:
files protect chmod

Т.к. apache запущен от имени Вашего пользователя, chmod 600 не запрещает доступ к файлам html / php. Вам нужно установить права в значение 0 для этих файлов, чтобы запретить доступ. Другие типы файлов (zip, jpg и пр.) могут быть защищены с правами 600 без проблем.

Сделайте сегодня кого-то счастливым!